ການວິເຄາະຂໍ້ມູນສາທາລະນະ
ຂໍ້ມູນກ່ຽວກັບເຊື້ອສາຍຂອງ SARS-CoV-2 ແລະວັນທີຕົວຢ່າງທີ່ເອົາມາຈາກລໍາດັບທີ່ມີຢູ່ຈາກປະເທດຊີລີແມ່ນໄດ້ມາຈາກເວັບໄຊ Consorcio Genomas CoV2 ທີ່ມີຢູ່ທີ່ https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global. ຂໍ້ມູນການສັກຢາກັນພະຍາດແມ່ນໄດ້ມາຈາກຂໍ້ມູນສາທາລະນະຈາກກະຊວງວິທະຍາສາດ, ເຕັກໂນໂລຊີ, ຄວາມຮູ້ແລະນະວັດຕະກໍາທີ່ມີຢູ່ທີ່ https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (ຜະລິດຕະພັນ 83).
ການກວດເຊື້ອພະຍາດ
ໄວຣັດ Pseudotyped ທີ່ມີໂປຣຕີນ SARS-CoV-2 ແຕກຕ່າງກັນໄດ້ຖືກກະກຽມດັ່ງທີ່ພວກເຮົາໄດ້ອະທິບາຍໄວ້ກ່ອນ ໜ້າ ນີ້12. ໂດຍຫຍໍ້, ເຊື້ອໄວຣັສ SARS-CoV-1 ທີ່ອີງໃສ່ HIV-2 ໄດ້ຖືກຜະລິດຢູ່ໃນຈຸລັງ HEK293T ໂດຍການຖ່າຍທອດ pNL4.3-nEnv-Luc ພ້ອມກັບ vector ທີ່ມີລະຫັດ pCDNA-SARS-CoV-2 Spike ໃນອັດຕາສ່ວນ 1: 1. Plasmids ກໍານົດລະບົບຮວງທີ່ເພີ່ມປະສິດທິພາບ codon ຂາດອາຊິດ amino ສຸດທ້າຍ 19 ຊະນິດຂອງປາຍ C-terminal (SΔ19) ທີ່ຮູ້ຈັກເພື່ອຫຼີກເວັ້ນການເກັບຮັກສາໄວ້ທີ່ reticulum endoplasmic12 ໄດ້ຮັບໂດຍການສັງເຄາະພັນທຸກໍາຫຼືການກາຍພັນທີ່ນໍາໄປສູ່ສະຖານທີ່ກໍານົດເອງ (GeneScript) ແລະມີການກາຍພັນຕໍ່ໄປນີ້: ເຊື້ອສາຍ A (ລໍາດັບການອ້າງອີງ), ເຊື້ອສາຍ B (D614G), ເຊື້ອສາຍ B.1.1.7 (Δ69-70, Δ144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), ເຊື້ອສາຍ P.1 (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I) ແລະສາຍພັນ C.37 (G75V, T76I, 246, L252Q, F452S, D490G, T614N). ການກະກຽມ pseudotype ແຕ່ລະຄັ້ງໄດ້ຖືກເກັບກູ້ໂດຍການ centrifugation ຢູ່ທີ່ 859 rpm ຢູ່ທີ່ອຸນຫະພູມຫ້ອງ, ປະລິມານໂດຍການ ນຳ ໃຊ້ຊຸດ HIV-3,000 Gag p1 Quantikine ELISA Kit (R&D Systems), ໄດ້ລະບຸໄວ້ໃນ 24% serum bovine fetal (Sigma-Aldrich) ແລະເກັບໄວ້ທີ່ -50 ° C ຈົນກ່ວາ. ໃຊ້. ຈໍານວນທີ່ແຕກຕ່າງກັນຂອງໄວຣັສ pseudotyped (ຕາມການກໍານົດໂດຍລະດັບຂອງໂປຣຕີນ HIV-80 p1) ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອຕິດເຊື້ອຈຸລັງ HEK-ACE24 ແລະ 2 ຊົ່ວໂມງຕໍ່ມາ, ກິດຈະກໍາ luciferase firefly ໄດ້ຖືກວັດແທກໂດຍໃຊ້ Luciferase Assay Reagent (Promega) ໃນ Glomax 48 Microplate ເຄື່ອງວັດແສງ (Promega).
ການທົດສອບຄວາມເປັນກາງ
ການທົດສອບການວາງຕົວເປັນກາງຂອງໄວຣັດ Pseudotyped ໄດ້ຖືກປະຕິບັດເປັນຫຼັກດັ່ງທີ່ພວກເຮົາໄດ້ອະທິບາຍໄວ້ກ່ອນ ໜ້າ ນີ້12. ໃນໄລຍະສັ້ນ, ການເຈືອຈາງ serial ຂອງຕົວຢ່າງ plasma (1: 4 ຫາ 1: 8748) ໄດ້ຖືກກະກຽມຢູ່ໃນ DMEM ດ້ວຍ 10% serum bovine ຂອງລູກໃນທ້ອງແລະຖືກຟັກດ້ວຍ 5 ng ຂອງ p24 ຂອງແຕ່ລະເຊື້ອໄວຣັສທີ່ມີລັກສະນະກົງກັນຂ້າມໃນລະຫວ່າງ 1 ຊົ່ວໂມງທີ່ 37 ° C ແລະຈາກນັ້ນ, 1 × 104 ໄດ້ເພີ່ມຈຸລັງ HEK-ACE2 ໃສ່ແຕ່ລະບ່ອນ. ຈຸລັງ HEK293T (ບໍ່ໄດ້ສະແດງອອກ ACE2) ທີ່ມີເຊື້ອໄວຣັສ pseudotyped (ເຊື້ອສາຍ A) ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ເປັນການຄວບຄຸມທາງລົບ. ເຊລຖືກເຊັດ 48 ຊົ່ວໂມງຕໍ່ມາ, ແລະກິດຈະ ກຳ luciferase ຂອງແມງວັນໄດ້ຖືກວັດແທກໂດຍໃຊ້ Luciferase Assay Reagent (Promega) ຢູ່ໃນເຄື່ອງວັດແທກຄວາມຈຸຂອງ Glomax 96 Microplate (Promega). ເປີເຊັນຂອງການວາງຕົວເປັນກາງ ສຳ ລັບແຕ່ລະການເຈືອຈາງໄດ້ຖືກ ຄຳ ນວນແລະ ID50 ຂອງແຕ່ລະຕົວຢ່າງໄດ້ຄິດໄລ່ໂດຍໃຊ້ GraphPad Prism ຮຸ່ນ 9.0.1.
ການວິເຄາະສະຖິຕິ
ການວິເຄາະທາງສະຖິຕິໄດ້ຖືກປະຕິບັດໂດຍໃຊ້ຊອບແວ GraphPad Prism ຮຸ່ນ 9.1.2. ການປຽບທຽບຫຼາຍກຸ່ມສໍາລັບການເຮັດໃຫ້ຕົວຕ້ານທານຕົວຕ້ານອະນຸມູນອິດສະລະ (NAbTs) ຕໍ່ກັບໄວຣັດ SARS-CoV-2 pseudotyped ລວມທັງການປຽບທຽບການຕອບສະ ໜອງ ຂອງ NAbs ຕາມເພດແລະສະຖານະພາບຄວັນໄດ້ຖືກດໍາເນີນໂດຍນໍາໃຊ້ການທົດສອບທີ່ໄດ້ເຊັນຊື່ Wilcoxon. ການປ່ຽນແປງປັດໃຈໄດ້ຄິດໄລ່ເປັນຄວາມແຕກຕ່າງຂອງຕົວເລກຄ່າສະເລ່ຍທາງເລຂາຄະນິດຢູ່ໃນ ID50 ເມື່ອປຽບທຽບກັບໄວຣັສ pseudotyped ປະເພດທໍາມະຊາດ. ການວິເຄາະຄວາມສໍາພັນລະຫວ່າງ NAbTs ກັບອາຍຸຫຼື BMI ໄດ້ດໍາເນີນການທົດສອບໂດຍ Spearman. ການທົດສອບການປຽບທຽບຫຼາຍອັນຂອງ ANOVA ແລະ Tukey ວິທີ ໜຶ່ງ ແມ່ນໄດ້ ດຳ ເນີນການວິເຄາະສະຖິຕິການຕິດເຊື້ອ. ຄ່າ p ≤0.05ໄດ້ພິຈາລະນາເປັນຄວາມສໍາຄັນທາງສະຖິຕິ.
ການອະນຸມັດດ້ານຈັນຍາບັນ
ພິທີການສຶກສາໄດ້ຮັບການອະນຸມັດຈາກຄະນະກໍາມະການດ້ານຈັນຍາບັນຂອງຄະນະແພດສາດທີ່ Universidad de Chile (ໂຄງການເລກທີ 0361-2021 ແລະ N ° 096-2020) ແລະClínica Santa Maria (ໂຄງການ N ° 132604-21). ຜູ້ໃຫ້ທຶນທັງsignedົດໄດ້ລົງນາມໃນການຍິນຍອມເຫັນດີທີ່ໄດ້ແຈ້ງໄວ້, ແລະຕົວຢ່າງຂອງເຂົາເຈົ້າແມ່ນບໍ່ເປີດເຜີຍຊື່.
ຜົນກະທົບຂອງການກາຍພັນແບບຮວງຕັ້ງແຈບຢູ່ໃນຕົວປ່ຽນແປງຂອງ Lambda ກ່ຽວກັບການຕິດເຊື້ອແລະເຮັດໃຫ້ການຕອບສະ ໜອງ ຂອງພູມຕ້ານທານເປັນກາງ
ການວິເຄາະ 3695 ລໍາດັບຈາກປະເທດຊິລີdeposາກໄວ້ທີ່ GISAID ຕາມວັນທີ 24 ມິຖຸນາth 2021 ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມເດັ່ນຊັດເຈນຂອງ SARS-CoV-2 ຕົວປ່ຽນແປງ Gamma ແລະ Lambda ໃນລະຫວ່າງການບັນຊີໄຕມາດສຸດທ້າຍ, ລວມກັນ, ສໍາລັບ 79% ຂອງລໍາດັບທັງົດ.
ເປັນທີ່ ໜ້າ ສົນໃຈ, ໄລຍະນີ້ມີລັກສະນະການໂຄສະນາສັກຢາກັນພະຍາດຄັ້ງໃຫຍ່ເຊິ່ງໃນນັ້ນ 65.6% ຂອງປະຊາກອນເປົ້າ(າຍ (ອາຍຸ 18 ປີຂຶ້ນໄປ) ໄດ້ຮັບໂຄງການສັກຢາກັນພະຍາດຄົບຖ້ວນຕາມວັນທີ 27 ມິຖຸນາ.th 2021
ເນື່ອງຈາກວ່າ 78.2% ຂອງປະຊາຊົນທີ່ໄດ້ຮັບການສັກຢາດ້ວຍໂຄງການທີ່ສົມບູນໄດ້ຮັບວັກຊີນປ້ອງກັນໄວຣັດ CoronaVac ຈາກ Sinovac Biotech, ພວກເຮົາໄດ້ຄົ້ນຫາຜົນກະທົບຂອງການກາຍພັນແບບຮວງຕັ້ງຢູ່ໃນຕົວປ່ຽນແປງ Lambda ກ່ຽວກັບຄວາມອາດສາມາດເປັນກາງຂອງພູມຕ້ານທານທີ່ເກີດຈາກວັກຊີນນີ້.
ສຳ ລັບສິ່ງນີ້, ພວກເຮົາໄດ້ສ້າງໄວຣັດ SARS-CoV-1 ທີ່ມີເຊື້ອ HIV-2 ທີ່ບັນຈຸໂປຣຕີນຮວງຕັ້ງຈາກສາຍພັນອ້າງອີງ Wuhan-1 (ປະເພດ ທຳ ມະຊາດ; ເຊື້ອສາຍ A), ການກາຍພັນ D614G (ສາຍພັນ B), ແລະອັນຟາ (ສາຍພັນ B) .1.1.7), Gamma (lineage P.1) ແລະ Lambda (lineage C.37) variants.
ໃນລະຫວ່າງການກະກຽມໄວຣັສ, ພວກເຮົາໄດ້ສັງເກດເຫັນຢ່າງສະthatໍ່າສະເcellsີວ່າຈຸລັງທີ່ຕິດເຊື້ອໄວຣັສ pseudotyped ທີ່ບັນຈຸ Lambda spike ໄດ້ສ້າງຄຸນຄ່າທາງດ້ານ bioluminescence ທີ່ສູງຂຶ້ນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍເມື່ອທຽບໃສ່ກັບ mutant D614G ຫຼືຕົວແປ Alpha ແລະ Gamma ທີ່ສະແດງເຖິງການຕິດເຊື້ອທີ່ເພີ່ມຂຶ້ນໂດຍໂປຣຕີນຂອງ Lambda spike
ຮູບ 1.ການຕິດເຊື້ອທີ່ໄກ່ເກ່ຍໂດຍໂປຣຕີນຮວງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.
(A) ການເປັນຕົວແທນແບບແຜນຂອງໂປຣຕີນຂອງ SARS-CoV-2 ແລະຕົວປ່ຽນແປງທີ່ໃຊ້ໃນການສຶກສາຄັ້ງນີ້. ເຊື້ອສາຍແມ່ນຊີ້ບອກຢູ່ໃນວົງເລັບ. RBD, ໂດເມນຜູກມັດຕົວຮັບ, CM; ຫາງ cytoplasmic.
(B) ການ ຈຳ ແນກປະເພດຂອງ pseudotypes ຂອງແຕ່ລະເຊື້ອສາຍໂດຍໃຊ້ປະລິມານທຽບເທົ່າຂອງ HIV-1 p24. ກິດຈະກໍາ luciferase firefly ໄດ້ຖືກວັດແທກເປັນຫົວ ໜ່ວຍ ການສ່ອງແສງທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ (RLU) ຢູ່ທີ່ 48 ຊົ່ວໂມງຫຼັງການຕິດເຊື້ອ. ຄ່າສະເລ່ຍແລະ SD ໄດ້ຄິດໄລ່ຈາກການທົດລອງສາມຕົວແທນ.
ຕໍ່ໄປ, ພວກເຮົາໄດ້ນໍາໃຊ້ໄວຣັສປອມຕົວທີ່ກ່າວມາຂ້າງເທິງເພື່ອດໍາເນີນການກວດວິເຄາະເປັນກາງໂດຍນໍາໃຊ້ຕົວຢ່າງ plasma 79 ຕົວຈາກພະນັກງານຮັກສາສຸຂະພາບຈາກ Universidad de Chile ແລະClínica Santa Maríaທີ່ Santiago, Chile.
ພວກເຮົາໄດ້ຍົກເວັ້ນຕົວຢ່າງ 4 ຕົວເພາະວ່າພວກເຮົາບໍ່ສາມາດຄິດໄລ່ຕົວເລກ ID50 ໄດ້. ຈາກຕົວຢ່າງການວິເຄາະ, 73% ແມ່ນຕອບສະ ໜອງ ກັບແມ່ຍິງ, ອາຍຸສະເລ່ຍ 34 ປີ (IQR 29 - 43) ແລະດັດຊະນີສູງສຸດຂອງຮ່າງກາຍ (BMI) 25 (IQR 22.7 - 27). ຜູ້ເຂົ້າຮ່ວມ 20.5% ໄດ້ປະກາດວ່າເປັນຜູ້ສູບຢາທີ່ມີການເຄື່ອນໄຫວໃນຂະນະທີ່ໄລຍະການສັກຢາກັນພະຍາດແກ່ຍາວ. ຕົວຢ່າງໄດ້ຮັບໃນສະເລ່ຍ 95 ມື້ (IQR 76 - 96) ຫຼັງຈາກສັກຢາວັກຊີນ CoronaVac ຄັ້ງທີສອງ
ພວກເຮົາສັງເກດເຫັນວ່າການວາງຕົວເປັນກາງຂອງໄວຣັດ pseudotyped ທີ່ມີທາດໂປຼຕີນຈາກ spike ປະເພດ Wild ເຮັດໃຫ້ມີການລະລາຍການຍັບຍັ້ງໄດ້ 50% (ID50) mean titer ຂອງ 191.46 (154.9 - 227.95, 95% CI,), ໃນຂະນະທີ່ມັນແມ່ນ 153.92 (115.68 - 192.16, 95% CI), 124.73 (86.2 - 163.2, 95% CI), 104.57 (75.02 - 134.11, 95% CI ) ແລະ 78.75 (49.8 - 107.6, 95% CI) ສໍາລັບໄວຣັສ pseudotyped ທີ່ມີໂປຣຕີນຂະຫຍາຍຈາກ D614G mutant ຫຼື Alpha, Gamma ແລະ Lambda variants ຕາມລໍາດັບ.
ພວກເຮົາຍັງສັງເກດເຫັນວ່າຕົວເລກຄວາມgeາຍເລຂາຄະນິດຂອງ ID50 titers ຫຼຸດລົງໂດຍປັດໃຈ 3.05 (2.57 - 3.61, 95% CI) ສໍາລັບໄວຣັສ pseudotyped ທີ່ນໍາເອົາ Lambda spike, 2.33 (1.95 - 2.80, 95% CI) ສໍາລັບ Gamma spike, 2.03 (1.71 - 2.41, 95% CI) ສໍາລັບ Alpha spike ແລະ 1.37 (1.20 - 1.55, 95% CI) ສໍາລັບ D614G spike ເມື່ອປຽບທຽບກັບ spike ປະເພດ Wild.
ບໍ່ມີການພົວພັນລະຫວ່າງເພດ, ອາຍຸ, ດັດຊະນີຂອງຮ່າງກາຍ (BMI) ຫຼືສະຖານະພາບຄວັນຢາສູບແລະການທໍາລາຍຕົວຕ້ານອະນຸມູນອິດສະຫຼະໄດ້ຖືກສັງເກດເຫັນຢູ່ໃນກຸ່ມການສຶກສາຂອງພວກເຮົາ.
ຮູບ 2.ການກວດສອບຄວາມເປັນກາງໂດຍໃຊ້ຕົວຢ່າງ plasma ຈາກວັກຊີນ CoronaVac
(A) ການປ່ຽນແປງຂອງຕົວຊີ້ວັດການເປັນກາງ 50% ເຊິ່ງກັນແລະກັນ (ID50) ໃນຕົວຢ່າງ plasma ຈາກ 75 ຜູ້ຮັບວັກຊີນ CoronaVac ຕໍ່ຕ້ານ D614G (lineage B), Alpha (lineage B.1.1.7),
Gamma (lineage P.1) ແລະ Lambda (lineage C.37) variants ປຽບທຽບກັບໄວຣັສປະເພດທໍາມະຊາດ. ຜົນໄດ້ຮັບແມ່ນສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມແຕກຕ່າງຂອງຕົວຊີ້ວັດການເຮັດໃຫ້ເປັນກາງຂອງຕົວຢ່າງທີ່ກົງກັນ. ຄ່າ P ສຳ ລັບການປຽບທຽບ ID50 ຖືກຄິດໄລ່ດ້ວຍການທົດສອບອັນດັບເຊັນ Wilcoxon.
(B) ຂອບເຂດຂອງກ່ອງບົ່ງບອກລະດັບປານກາງແລະລະຫວ່າງ interquartile (IQR) ຂອງ ID50 ສຳ ລັບໄວຣັສ pseudotyped ແຕ່ລະຄົນ. ການປ່ຽນແປງປັດໃຈແມ່ນສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມແຕກຕ່າງຂອງຕົວຊີ້ວັດຄ່າເລຂາຄະນິດໃນ ID50 ປຽບທຽບກັບເຊື້ອໄວຣັສ pseudotyped ປະເພດທໍາມະຊາດ. ການວິເຄາະທາງສະຖິຕິໄດ້ຖືກປະຕິບັດໂດຍນໍາໃຊ້ການທົດສອບອັນດັບຄູ່-ຄູ່ Wilcoxon.
ຮ່ວມກັນ, ຂໍ້ມູນຂອງພວກເຮົາໄດ້ເປີດເຜີຍວ່າທາດໂປຼຕີນທີ່ເພີ່ມຂື້ນຂອງຕົວປ່ຽນໃLamb່ທີ່ໄດ້ຮັບຄວາມສົນໃຈຈາກ Lambda, ແຜ່ຫຼາຍຢູ່ໃນປະເທດຊິລີແລະບັນດາປະເທດອາເມລິກາໃຕ້, ເຮັດໃຫ້ມີການກາຍພັນເຊິ່ງເຮັດໃຫ້ເກີດການຕິດເຊື້ອເພີ່ມຂຶ້ນແລະຄວາມສາມາດໃນການຫຼົບ ໜີ ຈາກພູມຕ້ານທານທີ່ເປັນກາງໂດຍ CoronaVac.
